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lammps提取和保存data文件中力场参数的技巧

发布时间:2022-09-29 12:49:22 562
# linux

大家好,我是小马老师。

本文介绍lammps提取data文件中力场参数的一个简单方法。

MS建模导出的data文件中包含里力场参数,但是这个参数格式和in文件不同。在data文件只列出来同种原子之间的立场参数,如下图:

lammps提取和保存data文件中力场参数的技巧_linux

如果要修改个别原子的立场类型,需要用混合势,这时候就需要列出所有原子对之间的立场参数。
传统的方法是把参数写到in文件,排列组合出所有的原子对,手动计算各原子对之间的参数,比较麻烦。

lammps提供了一个保存和输出力场参数的命令:write_coeff。
write_coeff命令把当前模拟中的立场参数提取出来,单独保存到文本文件。
语法比较简单,write_coeff后面加文件名即可:

write_coeff polymer.coeff

如果另写一个in文件继续模拟,可以直接用“include”命令把这个文件读入,不用再单独写力场参数。

用write_coeff命令会自动组合出各原子对之间的参数,如下图:

lammps提取和保存data文件中力场参数的技巧_lammps_02

在此基础上修改参数,就简单多了。

公众号:lammps加油站

 

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